Po smrti pelhřimovského děkana Kačera nastoupil v prosinci 1906 do uvolněného úřadu a ihned navázal na své předchozí aktivity, které ještě rozmnožil. Zasloužil se o navrácení vzácného původního raně barokního oltáře do kostela sv. Bartoloměje, obnovil Děkanskou zahradu, založil Chrámové družstvo pro republiku Československou, zcela mimořádná byla jeho podpora mládežnického sportu.  

Podobně jako na Křemešníku, i v Pelhřimově pokračoval ve psaní vzpomínkových knih, roku 1938 vydal „Pelhřimov za války“, náklad byl ale ihned Němci zabaven. Další kniha „Vlaštovky se vracejí“ mohla vyjít až po druhé světové válce.

Zásadový a vlastenecký postoj, který se F. B. Vaněk nebál projevovat za rakouského mocnářství, přespříliš upoutal pozornost německých okupantů. V noci 3. června 1942 byl děkan Vaněk zatčen, přes četnickou stanici v Pacově odvlečen do vězení táborského trestního soudu, pak do Terezína a konečně byl 31. 7. 1942 deportován do nacistického koncentračního tábora Dachau, kde 1. dubna 1943 zemřel.

Jeho památku dnes připomíná pomník v Děkanské zahradě a expozice v zahradním domečku, v němž děkan Vaněk napsal svá literární díla a kde uvítal mnohé vzácné návštěvy z řad umělců, sportovců i osobností významu arcibiskupa Kašpara.